1、生物顯微鏡的安頓應挑選干燥潔凈的房間，以阻止光學部件發霉、金屬部分生銹以及粘滿塵土。顯微鏡使用結束后，即放回箱(柜)內，或用玻璃罩、塑料套罩住，并放入干操劑。

2、不要自行拆開各部件;鏡筒要插上接目鏡或益上鐐苗蓋，阻止塵土從鏡筒上部進入;透鏡表面不要用手指碰觸或拭擦，若有塵土，先用無塵布悄悄拂去，再用柔軟的潔凈細布拭撩，也可用擦鏡紙蘸少量二甲苯或火油迷試擦，但詳盡不要在透鏡表面劃出條紋。如鏡片有輕度長霉，用擦繞紙擦不去時，可用棉簽蘸少量70%乙醇與30%乙迷混雜液悄悄拭撩。

3、生物顯微鏡不可與腐蝕性酸類、減類或揮發性強的化學藥品放在一同，避免被腐蝕，收縮使用年限。原則上，當觀察含液體的標本時，一樣一般都要蓋上蓋玻片;若液體中含有酸、堿等腐蝕性化學物質時，應把蓋玻片的周圍用白臘或凡士林封住，然后觀察。但由于舉辦中藥顯微判守時，常常要用這一類試劑，不大約都封固，因而要格外警覺，防范液體流到載物臺上，吏不要沾到物鏡上。

4、生物顯微鏡不該在直射陽光下暴曬，也不要放在接近爐子或暖氣的當地，以阻止過劇的冷熱變革導致透鏡和機件的脫膠、變形或損壞。

5、潔凈的物鏡只限于外表面。接物面被藥品污染后即用撩鏡紙蘸少量擦鏡液拭擦(不要用乙醇);若不和須潔凈時，可用柔軟羊毫打掃，或用皮吸頭吸去塵土。

6、轉動粗細調比鋁調焦時，舉動要愚鈍，不要壓碎蓋被片，以防接物鏡和集光器受控擊而損壞。

7、使用油鏡后，須將鏡頭上的香柏油拭探潔凈(可用擦鏡紙蘸少量二甲苯拭擦，但注怠二甲苯不克不及浸透鏡頭內部，否則二甲苯溶解透鏡之間的粘合劑，可使鏡片掉落)。

8、反光鏡鏡面要保護潔凈，不要使水、二甲苯或香柏油透入，避免反光鏡的水銀掉落。

9、加機器部分不機動，可用細綢布蘸二甲苯少鈞：拭去銹和油膩(不得用乙醇，由于這些溶劑會腐蝕油漆)，再用少量液體石服潤滑;旋扭過緊不要強行扭動，避免損壞。

10、偶爾在生物顯微鏡的視界中發明有污點或異物，可先轉動目鏡，要是這些污點跟著旋轉，則可斷定污點是在目鏡上;否則，可移動標本片，如污點跟著移動，則污點是在標本片上。要是兩者都不是，則污點是在物鏡上，可先撿食物鏡的前鏡頭，然后檢查后鏡頭。憑證不問環境舉辦潔凈處置處分。

偶爾視界的一部分不清楚，這大約是物鏡或目鏡的前透鏡表面有指印或塵土，也大約是標本片做得欠好或顯微鏡用法不當，如照明系統末調好等原因原由，應查明環境，別離處理。

11、生物顯微鏡用畢后，應將各部分擦洗潔凈，格接物鏡轉成八字形，然后將鏡筒和集光器下降結實，再將反光鏡的鏡面置筆直的位置。